企业实验室是企业生产经营活动的一个环节，其运作的管理体系不但从属于企业的管理制度，而且企业正在实施的、适用于实验室管理或控制的一些手段，如统计过程控制规定、纠正措施规定，也是实验室管理体系运作所必需的。从企业的角度看，按认可标准建立的实验室管理体系，是企业的管理水平在实验室这一环节上进行了专业和科学的提升。因此，实验室管理体系一方面在企业管理的约束和支持下运作，以企业管理为基础；另一方面是企业管理制度的补充完善，从而成为其一个有机的组成部分。

管理体系文件是管理体系的描述和运行的依据，应“达到确保实验室检测或校准结果质量所需的要求”，其编写的主要依据，一是认可标准及有关规定的要求，二是实验室运作的实际情况和要求。编写时不能照抄照搬认可标准，应将其“本地化”，转化成适合实验室运作和管理所需的有效、可操作的、相互衔接的层次性文件。编制文件时应注意以下几个问题：

文件范围必须包括管理体系所覆盖的所有相关过程和因素。无论过程在哪里开展，只要是管理体系所必须的，都必须在文件里对其程序和要求有恰当的规定和描述。对由实验室之外的其它部门所承担或协调开展的过程活动，尤要注意不能因为不在实验室内开展而忽略对其控制。